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최근 우리 정부는 공공부문에서 효율적인 정부를 구현하기 위해 다양한 노력을 경주하고 있으나, 정부지출 자체의 효율성을 객관적인 방법을 통해 체계적으로 측정한 연구는 거의 없는 실정이다. 이에 본 연구에서 해외학계나 국제기구에서 2000년대 들어 활발하게 연구되고 있는 종합지수 작성법과 비모수 추정법인 DEA(Data Envelopment Analysis) 방법 2가지를 보건, 교육, R&D, SOC, 공공질서 및 안전, 일반공공행정, 복지, 환경보호 등 8개 재정지출 분야에 각각 적용하여 우리 재정의 지출 효율성을 OECD국가들과 비교(보건 및 교육 분야에 대해서는 전 세계 국가들과의 비교를 추가)하여 측정해 보았다. 특히 기존의 해외연구들에서 사용되었던 종합지수 작성법의 문제점을 개선하고 DEA 방법 적용시에도 VRS(variable returns to scale)를 전제로 한 input-oriented efficiency score를 추정하되 bootstrapping을 통해 편차를 수정한 efficiency score를 2단계 Tobit 추정을 통해 추가적으로 수정하는 등 기존연구보다 개선된 방법론을 사용하였다. 또한 지출 효율성은 전반적인 효율성(overall efficiency; 투입 대비 성과)뿐만 아니라 비용 효과성(cost effectiveness; 투입 대비 산출)과 제도적 효율성(system efficiency; 산출 대비 성과)도 추정하였다. 분야별 재정지출 효율성 측정결과를 요약해 보면 다음과 같다. 우선 우리나라의 보건분야 재정지출의 제도적 효율성은 중위권에 그쳤지만 워낙 보건분야 재정지출규모가 작아 비용 효과성이 매우 우수하여 보건지출의 전반적인 효율성이 매우 우수한 것으로 나타났다. 그러나 이러한 양호한 결과가 우리나라의 보건분야 산출이나 성과가 우수해서라기보다는 관련 지출규모가 워낙 작기 때문이므로 향후 노인인구 비중의 증가에 따라 보건지출이 지속적으로 증가할 전망인바, 지출규모가 증가하면서도 지금과 같은 높은 지출 효율성이 유지할 수 있을지가 향후 보건재정에 있어서 중요한 정책과제가 될 것이다.다음으로 우리나라의 교육분야 재정지출에 대한 효율성 추정결과에서는 보건분야에서와는 반대로 제도적 효율성은 최상위권인 반면, 교육분야 재정지출규모가 작음에도 불구하고 비용 효과성이 매우 부진하여 교육지출의 전반적인 효율성이 보건분야보다는 다소 떨어져 우수한 편에 속하는 정도인 것으로 나타났다. 다만 고등교육의 비용 효과성은 우수하여 제도적 효율성이 우수한 것과 더불어 고등교육 관련 재정지출의 전반적인 효율성이 매우 우수한 것으로 나타났다.한편, 공공질서 및 안전, 일반공공행정, 복지 등의 분야에서는 우리나라의 산출 및 성과지표가 하위권에 머물렀음에도 불구하고 해당 분야 재정지출규모가 최하위권이기 때문에 투입 대비 산출(성과)로 측정되는 전반적인 효율성이 상위권에 속하는 것으로 나타났다. R&D분야에서는 우리나라의 재정지출규모가 하위권이었으나 산출 및 성과지표가 상위권으로 양호하여 지출 효율성 순위가 상위권으로 나타났다. 반면, 환경보호분야 재정지출규모는 중하위권이었지만 산출 및 성과지표도 하위권에 머물러 지출 효율성 순위가 중하위권이었다. 그러나 우리나라의 재정지출규모가 상위권에 속하는 SOC분야에서는 산출 및 성과지표가 하위권에 머물러 보건, 교육, 기타분야 등 본 연구에서 분석한 8개 지출분야 중에서 가장 낮은 지출 효율성 순위와 가장 낮은 효율성 지수를 보인 것으로 나타났다. 따라서 SOC분야 재정지출규모의 적정성과 더불어 관련 예산사업들을 재검토해 보아야 할 것이다.