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양도소득세는 주택 양도 시 실현된 자본이득에 대해 과세한다. 하지만 거주이전의 자유 및 주거생활의 안정을 보장한다는 관점에서 우리나라는 1세대 1주택에 대해 양도소득세 비과세제도를 운영한다. 하지만 최근 동 제도의 도입취지와 달리 다양한 문제점이 선행 연구들을 통해 지속적으로 제기되고 있다. 동제도의 가장 큰 문제점은 양도차익이 아닌 양도가액으로 비과세 혜택 대상이결정되어 과세 형평성을 저해한다는 점이다. 양도소득 규모에 상관없이 양도가액이 9억원을 초과하는지 여부에 따라 세부담이 달라진다. 다시 말해, 양도가액이 9억원을 초과하지 않으면 양도소득 규모에 상관없이 양도소득세가 부과되지 않는 반면, 9억원을 초과하면 그 초과분에 대해 양도소득세가 부과된다. 또한 동 제도는 1세대 1주택자가 2년 이상 주택을 보유하고 양도가액이 9억원을초과하지 않는다면 양도횟수나 거주 여부에 상관없이 비과세 혜택을 제공한다.따라서 이런 요인들은 1세대 1주택자가 양도차익을 노리고 필요 이상으로 주거를 이전하려는 유인을 제공하며, 이는 제도의 도입취지를 고려할 때 바람직하지 않다.동 제도의 과세 불형평성 문제를 해결하고 양도차익을 노린 불필요한 주거이전 행위를 막기 위해 최근 연구들은 동 제도를 폐지하고 소득공제제도 등을 도입할 것을 제안하였다. 하지만 대부분의 연구가 해외사례 조사연구 등에 의존하여 소득공제제도의 도입 타당성을 주장한다. 이에 본 보고서를 작성한 강성훈 박사는 재정패널 자료를 사용하여 동 제도가 도입취지에 맞게 운영되고 있는지를 실증회귀분석을 통해 살펴보았다. 또한 소득공제제도가 도입될 경우 가장 중요한 것은 소득공제액을 어느 정도 수준으로 설정할 것인가 하는 것이다.강성훈 박사는 재정패널 자료를 사용하여 표본의 양도소득과 세부담에 대한 분포를 분석하여 적정수준의 소득공제액에 대해 논의한다.